Η έκταση που καταλαμβάνει η σημερινή Αρχαία Αγορά έπαψε να είναι πυκνοκατοικημένη ήδη από το 13ο αιώνα. Από περιγραφές και χαλκογραφίες των περιηγητών από το 15ο έως το 17ο αιώνα διακρίνεται ότι η περιοχή βρισκόταν εκτός των τειχών της πόλης και δεν υπήρχαν πολλά σπίτια. Στην ίδια κατάσταση βρίσκεται και στο 18ο αιώνα, με τη διαφορά ότι η περιοχή του Θησείου, όπως και η Μονή των Καπουτσίνων, έχει οριστεί από τους Οθωμανούς ως τόπος ταφής των «ξένων». Το 1778 με την εντολή του Χασεκή, βοεβόδα της Αθήνας, που αποσκοπούσε στην προστασία της πόλης από τους Αλβανούς, χτίστηκαν τα «Τείχη του Χασεκή». Μετά την οικοδόμηση των τειχών η περιοχή της Αρχαίας Αγοράς βρέθηκε εντός των τειχών και παρατηρήθηκε αύξηση στον αριθμό των κατοικιών της. Έπειτα από την ίδρυση του ελληνικού κράτους υπήρξαν σχέδια για την ανάπλαση της περιοχής και τη δημιουργία εκεί βασιλικού κήπου. Όμως τα αρχαιολογικά ευρήματα οδήγησαν τις Αρχές να προβούν σε σταδιακή απαλλοτρίωση του χώρου για αρχαιολογικές έρευνες. Η πρώτη φάση των ανασκαφών ξεκίνησε το 1859 και συνεχίστηκε έως το 1912 από την Αρχαιολογική Εταιρεία.