Μετά το 1100 π.Χ., ο χώρος της Αγοράς συνεχίζει να κατοικείται. Έχουν ανασκαφεί μερικοί τάφοι της Υπομυκηναϊκής περιόδου, με λιγοστά όμως ευρήματα. Η φάση αυτή χαρακτηρίζεται γενικά από πτώση του βιοτικού επιπέδου και από τη δραματική μείωση του πληθυσμού. Οι ταφές πάντως είναι αρκετά προσεγμένες: πρόκειται για λάκκους οι οποίοι επενδύονται εσωτερικά με πλάκες και σκεπάζονται με ακανόνιστους λίθους. Τα κτερίσματα είναι ένα ή δύο αγγεία, τοποθετημένα κοντά στα πόδια του νεκρού. Την ίδια περίοδο ξεκινά η λειτουργία του νεκροταφείου του Κεραμεικού, το οποίο εν πολλοίς θα αντικαταστήσει την Αγορά στη χρήση της ως νεκροταφείου, αν και οι μεμονωμένες ταφές δε θα εκλείψουν πριν από το 700 π.Χ. περίπου. Χαρακτηριστικό της ειρηνικής ζωής των Αθηναίων της περιόδου είναι η απουσία, σε γενικές γραμμές, όπλων από τις ταφές, ήδη από τις αρχές του 8ου αι. και καθ’ όλη τη διάρκειά του.
Κατά τη διάρκεια της Πρωτογεωμετρικής και της Γεωμετρικής περιόδου (1100-700), ο χώρος της Αγοράς πρώτη φορά κατοικείται συστηματικά. Οι ταφές των δύο περιόδων δεν είναι πολυάριθμες (80 συνολικά). Ακολουθούνται νέα έθιμα: ο ενταφιασμός των νεκρών εγκαταλείπεται περίπου από το 1100 έως το 800 π.Χ. και τον αντικαθιστά η καύση των νεκρών. Από περίπου το 800 έως το 700, επανακάμπτει και το έθιμο του ενταφιασμού και πλέον συνυπάρχει με την καύση των νεκρών.
Το τελευταίο διάστημα της Γεωμετρικής περιόδου (760-700) αποτελεί μια περίοδο μεγάλης ακμής: παρατηρείται αύξηση του πληθυσμού, μεγαλύτερη εξάπλωση της κατοίκησης στην Αττική, ενώ η χρήση της γραφής είναι αρκετά διαδεδομένη.
Δύο συστάδες τάφων ορίζονται με περίβολο και έχουν ερμηνευτεί ως οικογενειακά νεκροταφεία. Το πρώτο βρίσκεται στη βάση του λόφου του Αγοραίου Κολωνού. Περιλαμβάνει συνολικά είκοσι δύο ταφές, εκ των οποίων οι είκοσι ανήκουν στο διάστημα μεταξύ των μέσων του 8ου και των αρχών του 7ου αι. Στις τρεις πλευρές υπάρχει περίβολος από ισχυρούς λίθους, ενώ η τέταρτη πλευρά κλείνει από το φυσικό βράχο. Έτσι δημιουργείται ένας ακανόνιστος χώρος περίπου 6 x 17,5 μ. Ο δεύτερος περίβολος βρίσκεται στη δυτική κλιτύ του Αρείου Πάγου και περιλάμβανε είκοσι δύο ενταφιασμούς, είκοσι δύο καύσεις και δύο ταφές παιδιών, ενώ υπάρχουν και τρεις τάφοι όπου το έθιμο ταφής δεν έχει διευκρινιστεί από την ανασκαφή. Οι ταφές αυτές είναι ελαφρώς υστερότερες από εκείνες του προηγούμενου περιβόλου, ξεκινώντας από τον ύστερο 8ο αι. έως τα τέλη του 6ου. Ο περίβολος περιέκλειε σε ένα ακανόνιστο παραλληλόγραμμο μια έκταση 16 x 36 μ.
Παράλληλα, στο χώρο της Αγοράς αναπτύσσονται πολυάριθμα εργαστήρια κεραμικής και χαλκοτεχνίας. Τα πρώτα δίνουν το όνομά τους στην ευρύτερη περιοχή στην οποία ανήκει (Κεραμεικός). Τέλος μαρτυρείται και η ύπαρξη οικιών, όπως πιστοποιείται από τα άφθονα πηγάδια που ανασκάφηκαν και περιείχαν γεωμετρικά αγγεία (συνολικά 35 πηγάδια περιέχουν υλικό από την Πρωτογεωμετρική και τη Γεωμετρική περίοδο). Ο αριθμός των πηγαδιών δείχνει ότι η κατοίκηση θα πρέπει να ήταν σχετικά πυκνή, αλλά τα απομεινάρια των οικιών κάτω από τα μνημεία των μεταγενέστερων εποχών είναι τόσο ισχνά, που δεν είμαστε σε θέση να καταλάβουμε το γενικό σχέδιό τους.
