Ίχνη ανθρώπινης παρουσίας υπάρχουν στο χώρο της Αγοράς της Αθήνας από την Προϊστορική περίοδο και συγκεκριμένα από την Τελική Νεολιθική περίοδο (3000 π.Χ.). Συγκεκριμένα, στα υψώματα νότια της Αγοράς έχουν εντοπιστεί είκοσι πηγάδια για την περισυλλογή νερού. Μαζί με τα κεραμικά ευρήματα που σηματοδοτούν το σφράγισμά τους, τα πηγάδια αυτά αποτελούν την πρωιμότερη ένδειξη κατοίκησης στο χώρο της Αγοράς, καθώς ο νεολιθικός οικισμός της Αθήνας εκτεινόταν κατά κύριο λόγο κατά μήκος της νότιας κλιτύος της Ακρόπολης. Στον κατεξοχήν χώρο της Αγοράς έχει βρεθεί ένα μόνο νεολιθικό πηγάδι και μία ταφή ανδρός ηλικίας περίπου 30 ετών και ύψους 1,65 μ. Δεν υπάρχουν υλικά κατάλοιπα του οικισμού τον οποίο εξυπηρετούσαν τα πηγάδια· ίσως η κατοίκηση να γινόταν στα παρακείμενα σπήλαια, στους πρόποδες της Ακρόπολης.