Το Μουσείο της Αρχαίας Αγοράς στεγάζεται στη Στοά του Αττάλου, η οποία αναστηλώθηκε με σχέδια του αρχιτέκτονα της ανασκαφής της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών της Αθήνας, Ιωάννη Τραυλού, το 1957. Έκτοτε συγκεντρώθηκαν εκεί τα ευρήματα από τις ανασκαφές που διενεργεί η Αμερικανική Σχολή στο χώρο από το 1931. Ο εκθεσιακός χώρος καταλαμβάνει το ισόγειο.

 

Ιδιαίτερο γνώρισμα της συλλογής του μουσείου είναι η πληθώρα αντικειμένων που σχετίζονται με τη λειτουργία του δημοκρατικού πολιτεύματος της Αθήνας. Συναντά κανείς όστρακα (θραύσματα αγγείων), πάνω στα οποία είναι χαραγμένα τα ονόματα γνωστών πολιτικών της αρχαίας Αθήνας, οι οποίοι απειλήθηκαν ή και τιμωρήθηκαν τελικά με εξορία, μέσω της ιδιαίτερης αυτής διαδικασίας που ονομάζουμε οστρακισμό. Συναντά κανείς τον Περικλή, τον πατέρα του Ξάνθιππο, τον Αριστείδη, τον Καλλία, το Μεγακλή των Αλκμεωνιδών, τον Ίππαρχο, τον εγγονό του τυράννου Ιππία και πολλά άλλα ιστορικά πρόσωπα. Άλλα αξιόλογα ευρήματα είναι μια κλεψύδρα του 5ου αι. π.Χ., δηλ. ένα υδραυλικό ρολόι, με το οποίο μετρούσαν το χρόνο των αγορεύσεων στα δικαστήρια, χάλκινες ψήφοι που χρησιμοποιούσαν οι δικαστές κατά τον 4ο αι. π.Χ. για να ψηφίσουν την ετυμηγορία τους, καθώς και το μαρμάρινο κληρωτήριο του 3ου-2ου αι. π.Χ., όταν το σώμα των πολιτών ήταν χωρισμένο σε 12 φυλές. Την ένδοξη στρατιωτική ιστορία της πόλης αναπολεί κανείς χάρη στη χάλκινη ασπίδα που φέρει επιγραφή από την οποία μαθαίνουμε ότι πρόκειται για λάφυρο που πήραν οι Αθηναίοι από τους Σπαρτιάτες ομήρους στη Σφακτηρία το 425-424 π.Χ.

 

Περίοπτη θέση μεταξύ των ευρημάτων καταλαμβάνουν οι επιγραφές, από τον 5ο αι. π.Χ. ως το 2ο αι. μ.Χ., οι οποίες αναφέρονται σε πάμπολλες πλευρές του δημόσιου βίου της Αθήνας. Αξίζει να αναφερθεί κανείς στους καταλόγους αλόγων από τα αρχεία της τάξης των ιππέων και στην ενεπίγραφη στήλη με το ψήφισμα του Φρυνίχου κατά της τυραννίας.

 

Η εμπορική διάσταση της Αγοράς αναδεικνύεται από τα πολυάριθμα νομίσματα που εκτίθενται. Περιλαμβάνονται όλες οι κοπές της πόλης της Αθήνας αλλά και μια πληθώρα νομισμάτων άλλων κρατών, γεγονός που καταδεικνύει το εύρος των εμπορικών συναλλαγών της πόλης την περίοδο της ακμής της (5ος-4ος αι. π.Χ.). Άλλο στοιχείο που καταδεικνύει τον εμπορικό χαρακτήρα της Αγοράς είναι ο μικρός αριθμός αμφορέων της έκθεσης, που δίνει μια ιδέα για τις χιλιάδες αμφορέων, συχνά με ενσφράγιστες λαβές, οι οποίοι βρέθηκαν στην Αθήνα. Οι αμφορείς χρονολογούνται από τον 6ο αι. π.Χ. ως τη Βυζαντινή εποχή.

 

Η μερίδα του λέοντος των ευρημάτων είναι ασφαλώς όσα προέρχονται από τις ταφές που έγιναν στο χώρο της Αγοράς από την προϊστορίαως τα τέλη του 6ου αι. π.Χ. Ξεχωρίζουν τα ταφικά σύνολα του τάφου της πλούσιας Αθηναίας ή του τάφου του Πολεμιστή. Εξίσου ενδιαφέρουσα είναι η μεγάλη συλλογή μελανόμορφων και ερυθρόμορφων αγγείων της Αρχαϊκής και της Κλασικής περιόδου, που προέρχονται από τα πηγάδια που ανέσκαψαν οι Αμερικανοί ανασκαφείς. Το δείγμα είναι ιδιαίτερα αντιπροσωπευτικό και προσφέρει ένα πλήρες πανόραμα της αγγειογραφίας της περιόδου. Εκτός από τα αγγεία που βρέθηκαν στην Αγορά, ξεχωρίζει ο καλυκόσχημος κρατήρας που αποδίδεται στον Εξηκία και προέρχεται από τη δυτική κλιτύ της Ακρόπολης. Άξια μνείας είναι και τα κεραμικά ευρήματα των αρχών του 5ου αι. π.Χ. από τον πρόσφατα ανεσκαμμένο αποθέτη στην περιοχή του Βωμού της Αφροδίτης.

 

Γλυπτά από την Κλασική, Ελληνιστική και Ρωμαϊκή περίοδο, καθώς και αρχιτεκτονικά μέλη, εκτίθενται στο περιστύλιο του ισογείου και του ορόφου της Στοάς. Κοντά στα γλυπτά που προαναφέρθηκαν, αξίζει να σημειώσει κανείς την τρέχουσα Νηρηίδα, πιθανόν ακρωτήριο του 400 π.Χ., με την τεχνοτροπία του γλύπτη Τιμοθέου, τις ερμαϊκές στήλες, τα ρωμαϊκά πορτρέτα και τα ιωνικά κιονόκρανα από ναούς του 5ου αι. π.Χ. που μεταφέρθηκαν στο χώρο της Αγοράς από άλλα σημεία της Αττικής. Από τη Ρωμαϊκή περίοδο ξεχωρίζουν η συλλογή γλυπτών από την Οικία Ω, η Ιλιάδα και η Οδύσσεια από τη Βιβλιοθήκη του Πανταίνου, καθώς και η ερμαϊκή στήλη με τη μορφή νυσταλέου Σιληνού.

 

Στον άνω όροφο της Στοάς φιλοξενούνται τα εργαστήρια συντήρησης και μελέτης των ευρημάτων, καθώς και οι διάφορες μακέτες του χώρου και των μνημείων της Αγοράς που φιλοτεχνήθηκαν κατά καιρούς.